الاجتهاد: حسب ما اقترحه السيد الشهيد الصدر يتوجب على المرجع الأعلى لكي يؤدي دوره ويقوم بمهامه على أفضل وجه، ويقوم بهداية الأمة، إنَّ تكون لديه مؤسسة متكونة من أجهزة منظمة ومتعددة المسؤوليات بدلاً عن الحاشية (العاملين في مكتب المرجعية الدينية)، كما جاء ذلك في مقدمة (مباحث الأصول) تقرير آية الله السيد كاظم الحائري.
أقترح المفكر الإسلامي السيد الشهيد محمد باقر الصدر تحويل ما اسماه بالمرجعية الفردية إلى المرجعية الموضوعية (المؤسساتية) لغرض رفع مستوى وتأثير المرجعية وزيادة قدراتها وقوة تأثيرها في الأمة.
وحسب ما اقترحه السيد الشهيد الصدر يتوجب على المرجع الأعلى لكي يؤدي دوره ويقوم بمهامه على أفضل وجه، ويقوم بهداية الأمة، إنَّ تكون لديه مؤسسة متكونة من أجهزة منظمة ومتعددة المسؤوليات بدلاً عن الحاشية (العاملين في مكتب المرجعية الدينية)، كما جاء ذلك في مقدمة (مباحث الاصول) تقرير السيد كاظم الحائري، قوله التالي:
(إيجاد جهاز عملي تخطيطي وتنفيذي للمرجعية يقوم على أساس الكفاءة والتخصّص وتقسيم العمل واستيعاب كل مجالات العمل المرجعي الرشيد في ضوء الأهداف المحددة. ويقوم هذا الجهاز بالعمل بدلا عن الحاشية التي تعبّر عن جهاز عفوي مرتجل يتكوّن من أشخاص جمعتهم الصدف والظروف الطبيعية لتغطية الحاجات الآنية بذهنية تجزيئية وبدون أهداف محددة واضحة).
واستطرد السيد الشهيد الصدر في اقتراحه مؤسسة المرجعية الموضوعية وطالب بأن تقوم المرجعية بمهام متعددة الجوانب، كالبحوث والتخطيط والتنفيذ على أسس علمية منظمة تعتمد على توزيع المهام والمسؤوليات على لجان في المؤسسة كل حسب اختصاصه. فأقترح اللجان الستة التالية كصورة مثلي وهدف أعلى ينبغي أن يصل إليه الجهاز العملي للمرجعية الصالحة في تطوره وتكامله:
(ويشتمل هذا الجهاز على لجان متعددة تتكامل وتنمو بالتدريج إلى أن تستوعب كل إمكانات العمل المرجعي:
1: لجنة أو لجان لتسيير الوضع الدراسي في الحوزة العلمية: وهي تمارس تنظيم دراسة ما قبل (الخارج) والإشراف على دراسات الخارج، وتحدد المواد الدراسية، وتضع الكتب الدراسية، وتجعل بالتدريج الدراسة الحوزوية بالمستوى الذي يتيح للحوزة المساهمة في تحقيق أهداف المرجعية الصالحة وتستحصل معلومات عن الانتسابات الجغرافية للطلبة وتسعى في تكميل الفراغات وتنمية العدد.
2: لجنة للإنتاج العلمي: ووظائفها إيجاد دوائر علمية لممارسة البحوث ومتابعة سيرها والإشراف على الإنتاج الحوزوي الصالح وتشجيعه ومتابعة الفكر العالمي بما يتصل بالإسلام والتوافر على إصدار شيء كمجلة أو غيرها والتفكير في جلب العناصر الكفوءة إلى الحوزة أو التعاون معها إذا كانت في الخارج .
3: لجنة أو لجان مسؤولة عن شؤون علماء المناطق المرتبطة: وضبط أسمائهم وأماكنهم ووكالاتهم وتتبع سيرهم وسلوكهم واتصالاتهم والاطلاع على النقائص والحاجات والفراغات وكتابة تقرير إجمالي في وقت رتيب أو عند طلب المرجع .
4: لجنة الاتصالات: وهي تسعى لإيجاد صلات مع المرجعية في المناطق الَّتي لم تتصل مع المركز، ويدخل في مسئوليتها إحصاء المناطق ودراسة إمكانات الاتصال بها وإيجاد سفرة تفقديّة إمّا على مستوى تمثيل المرجع أو على مستوى آخر وترشيح المناطق التي أصبحت مستعدة لتقبّل العالم وتولي متابعة السير بعد ذلك ويدخل في صلاحيتها الاتصال في الحدود الصحيحة مع المفكرين والعلماء في مختلف أنحاء العالم الإسلامي وتزويدهم بالكتب والاستفادة من المناسبات كفرصة الحج .
5: لجنة رعاية العمل الإسلامي: والتعرّف على مصاديقه في العالم الإسلامي وتكوين فكرة عن كل مصداق وبذل النصح والمعونة عند الحاجة .
6: اللجنة المالية: التي تعني بتسجيل المال وضبط موارده وإيجاد وكلاء ماليين والسعي في تنمية الموارد الطبيعية لبيت المال وتسديد المصارف اللازمة للجهاز مع التسجيل والضبط).
لم يكتفي السيد الشهيد الصدر “ره” في أطروحته عند هذا الحد بل أكمل أطروحته في (مجلس المرجعية الرشيدة) تنصب فيه قوى كل ممثلي المرجعية والمنتسبين إليها في العالم، من خلال ايجاد مجلس يضم علماء الشيعة والقوى الممثلة له، وبذلك سوف يضم هذا المجلس العلمائي تلك اللجان التي يتكون منها الجهاز العملي للمرجعية، يكون الرشد في قراراته، وبعيد كل البعد عن التأثر بالانفعالات الشخصية. واستدل + على هذا المقترح بالأدلة التالية:
(المرجع تاريخياً يمارس عمله المرجعي كله ممارسة فردية، ولهذا لا تشعر كل القوى المنتسبة إليه بالمشاركة الحقيقية معه في المسؤولية والتضامن الحاد معه في المواقف، وأما إذا مارس المرجع عمله من خلال مجلس يضم علماء الشيعة والقوى الممثلة له دينيا وربط المرجع نفسه بهذا المجلس فسوف يكون العمل المرجعي موضوعياً.
بهذا الأسلوب الموضوعي من الممارسة يصون المرجع عمله المرجعي من التأثر بانفعالات شخصه، ويعطي له بعدا وامتدادا واقعيا كبيرا إذ يشعر كل ممثلي المرجع بالتضامن والمشاركة في تحمل مسؤليات العمل المرجعي وتنفيذ سياسة المرجعيّة الصالحة التي تقرر من خلال ذلك المجلس امتدادا زمنيّا للمرجعية الصالحة لا تتسع له حياة الفرد الواحد).